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Le projet scientifique du GEPEA est orienté sur la réponse du Génie des Procédés à des enjeux sociétaux. Il vise de façon globale à contribuer à l’essor de l’Usine du Futur et au renouveau industriel afin de répondre aux enjeux des transitions environnementales, énergétiques, et alimentaires.
Plus particulièrement, les thématiques développées couplent approches expérimentales et de modélisation au sein d’une démarche volontairement multi-échelle, allant de la compréhension des mécanismes impliqués aux transposition sur procédés de taille industrielle.
Les objectifs scientifiques et technologiques visent le développement  et l’optimisation de procédés pour une gestion sobre et  optimisées des (bio)ressources (nouveaux sourcing alimentaires,  approches intégrées procédés-produits, réduction d’empreinte  industrielle), et la préservation de la qualité de vie (écotechnologies pour la qualité de l’environnement air eaux,  procédés de co-valorisation matière-énergie de résidus ou  déchets industriels, procédés d’exploitation de ressources  marines et en particulier microalgues). 
Le laboratoire repose sur 5 équipes scientifiques :
1 - Procédés pour les BIORESSOURCES
Equipe BAM : Bioprocédés Appliqués aux Microalgues
Equipe MAPS2 : Matrices & Aliments : Procédés /Propriétés / Structure – Sensoriel
2 - ÉCOTECHNOLOGIES
Equipe TEAM : Traitement Eau Air Métrologie
Equipe OSE : Optimisation – Système – Energie
Equipe VERTE : Valorisation Energie/matière des Résidus et Traitement des Emissions